Compilando el Kernel bajo Debian, luego creando la imágen de arranque:

#Descargar el kernel:
www.kernel.org

#Descomprimir y situarnos en la carpeta, luego aplica:
make clean
make mrproper

#Copiamos el .config de nuestro kernel:
cp /boot/config-2.6.NUESTROKERNELACTUAL /usr/src/linux-2.6.COMPILANDO/.config

#Limpieza del directorio al igual que los anteriores clean y mrproper
make dep clean

#COMENZAMOS A COMPILAR
make

#crea la imágen para el arranque
make bzImage

#compila los módulos y los instala, /lib/modules/2.6.VERSIONKERNELINSTALANDO/
make modules
make modules_install

#Crear initrd
update-initramfs -u -t -k 2.6.VERSIONKERNELINSTALANDO

#Crear imágenes y cosas para el arranque o BOOT
cp /usr/src/linux-2.6.VERSION/arch/ARQUITECTURA/boot/bzImage /boot/vmlinuz-2.6.VERSION
cp CARPETAKERNELCOMPILANDO/System.map /boot/System.map-2.6.VERSION
cp CARPETAKERNELCOMPILANDO/.config /boot/config-2.6.VERSION


Fuente: http://www.esdebian.org/wiki/configurar-compilar-e-instalar-kernel-linux-drivers-modems-pci-debian-gnulinux-50-lenny
http://www.forat.info/2007/08/14/como-instalar-un-nuevo-kernel-en-tu-debian/
https://wiki.archlinux.org/index.php/Kernel_Compilation_From_Source