Cómo Matar un proceso porfiado, que no se cierra al poner cerrar en su X?

Muy simple, pero también erase difícil de encontrar esa información, si por ejemplo, skype que tiende a fallar mucho, te falla y no logras cerrarlo, anda a consola y escribe

top, para saber que PID tiene.
ps -e|grep -i skype, para saber el PID de skype.

Ambos comandos arriba son para lo mismo, ejecuta el que más te guste, luego:

kill -9 PID

donde PID es el número, por ejemplo "18544"

Fuente: http://www.dba-oracle.com/linux/kill_a_process.htm