Más de alguno debe haber quedado sin permisos sobre una carpeta, para recuperar los permisos debes usar cacls, pero en vez de usar la opción /G, usarás /P, ya que /G CONCEDE, y /P SUSTITUYE

Ejemplos:
cacls c:\ /t /e /g administradores:f

attrib archivo -S -H -R -A +S +A

C:\WINDOWS\system32\drivers\etc>attrib hosts -S -H -R
Acceso denegado: C:\WINDOWS\system32\drivers\etc\hosts

C:\WINDOWS\system32\drivers\etc>attrib hosts -S -H
Acceso denegado: C:\WINDOWS\system32\drivers\etc\hosts

C:\WINDOWS\system32\drivers\etc>attrib hosts -S
El archivo oculto no se restablece: C:\WINDOWS\system32\drivers\etc\hosts

C:\WINDOWS\system32\drivers\etc>attrib hosts -H
El sistema de archivos no se restablece: C:\WINDOWS\system32\drivers\etc\hosts

FUENTE: http://support.microsoft.com/kb/162786/es